Лицам, страдающим воспалением кишечника, слабительное воздействие семян льна может ухудшить состояние. Противопоказанием являются также камни в почках и желчном пузыре. Женщинам, у которых диагностированы
эндометрит, фиброма матки или поликистоз, желательно не употреблять продукты из льняного семени. Стоит воздержаться от применения этих семян беременным и кормящим женщинам: в таких случаях лучше перестраховаться.